（一）消毒
孵化室的地面、墙壁、天棚均应彻底消毒。孵化器内清洗后用福尔马林熏蒸，也可用液喷雾消毒，蛋盘和出雏盘往往粘连蛋壳或粪便，应彻底浸泡清洗，然后消毒。
（二）设备检修
孵化前应做好孵化器的检修工作。电热、风扇、电动机的效力，孵化器的严密程度，温、湿度，通风和翻蛋等自动化控制系统，温度计的准确性等均检修或校正。
（三）种蛋预热
入孵之前应先将种蛋由冷的贮存室移至22～25℃的室内预热6～12h，可以除去蛋表面的冷凝水，使孵化器升温快，对提高孵化率有好处。
（四）入孵前种蛋消毒
（一）入孵
一切准备就绪以后，即可正式孵化。入孵批次依孵化器的规格而异，每月10万枚孵化量的孵化厂一般每3～5天入孵一批，每次上一孵化器，尽量整进整出。现在多采用推车式孵化器，种蛋码好后直接整车推进孵化器中。
（二）孵化器的管理
立体孵化器由于构造已经机械化、自动化，机械的管理非常简单，具体操作方法每种孵化器均有详细说明书。应经常留意机件的运转情况，如电动机是否发热，机内有无异常的音响等。定期对孵化器进行检修，发现异常情况及时维修或更新。孵化室24小时有人值班，除了监视孵化器之外，孵化器和孵化室的温度、湿度、通风情况也应经常记录、观察。
（三）凉蛋
孵化后期鸡胚会自己产生一些热量，如果散发不出去就会造成孵化器高温，烧死胚胎，因此需要对胚蛋进行人工降温。鸡蛋孵化一般不需要凉蛋，尤其是自动化程度较高的孵化器有降温系统，更不需要晾蛋。传统孵化有时需要凉蛋，孵化鸭蛋或鹅蛋如果用专门的孵化器也不用凉蛋，如果用孵鸡蛋的孵化器则需要凉蛋。凉蛋的方法一般每次打开孵化器的门0.5h～1 h，每天2～3次。
（四）照蛋
孵化期内一般照蛋2次，以便及时验出无精蛋和死精蛋，并观察胚胎发育情况。第一次照蛋白壳种蛋在6天，褐壳种鸡在10天，第二次照蛋在移盘时进行。采用巷道式孵化器一般不照蛋或只在移盘时照蛋一次。
（五）落盘 (移盘)
在孵化第17天或19天最后一次照蛋后，即将孵化器架上的蛋移入出雏器中，此后停止翻蛋。移盘时间也可根据胚胎的发育情况或机器的周转进行，一般有1%雏鸡轻微啄壳可以听到雏鸡叫声时移盘最好，但14天移盘也无显著的危害。
（一）降低温度，增加湿度
出雏期间由于胚胎自身产热量很大，为了促进卵黄的吸收，出雏器的温度要比孵化器调低0.5℃左右，相对湿度调高到75％，利于雏鸡的出壳。
（二）拣雏
在正常的情况下鸡蛋满21天即全部结束出雏。 雏鸡孵化实行一次性拣雏，鸭和鹅实行多次拣雏。实行多次拣雏时要注意把正在出壳的胚蛋集中在一起，并向孵化器内喷温水，以增加湿度，防止粘壳。
（三）雏鸡处理
拣出的雏鸡经雌雄鉴别后，挑出弱雏，健康母雏注射马立克疫苗后放在分隔的雏鸡箱内，然后置于22～25℃的暗室中，使雏鸡充分休息，准备接运。有时种鸡需要剪冠或断趾，都要在孵化室完成。
（四）停电时的措施
大型孵化厂应自备发电机，如没有这种条件，孵化室应备有加温用的火炉或火墙，在停电前几小时将火炉烧起。必须注意，停电时要将孵化器门打开，以免机内上部的蛋因热而遭损失。如为临时停电而不超过几小时，则不必升火加温。冬季停电一定要用火炉把温度升高到25度以上，否则短时间内鸡胚就会冻死。
（五）做好孵化记录
每次孵化完成后应将上孵日期、蛋数、种蛋来源、历次照蛋情况、孵化结果、孵化期内的温度变化等记录保留下来，以便统计孵化成绩或做总结工作时参考。此外，应编制孵化日程表，以利工作。